Najwcześniej zajął go renesans. Przedmiotem fascynacji i wieloletnich badań Janusza Pelca był Jan Kochanowski, któremu poświęcił najpierw rozprawę doktorską o oddziaływaniu poety na literaturę polską (Jan Kochanowski w tradycjach literatury polskiej), a po latach obszerną, nowatorską w zakresie ustaleń i wznawianą, monografię (Jan Kochanowski. Szczyt renesansu w literaturze polskiej). Zajmowali go też Mikołaj Rej i Szymon Szymonowic. Z badań nad epoką wyrósł obszerny zbiór studiów Europejskość i polskość literatury naszego renesansu oraz synteza Literatura renesansu w Polsce.
Szczególnie odkrywcze były badania Pelca nad barokiem. Przywołał z zapomnienia twórczość Zbigniewa Morsztyna, poświęcając mu, po latach ustaleń archiwalnych i filologicznych, dwie książki: obszerną pracę habilitacyjną Zbigniew Morsztyn, arianin i poeta oraz monografię ukazującą poetę na tle epoki. Praca ta (w tym nad Morsztynowym cyklem Emblemata) zaprowadziła Janusza Pelca w stronę badań nad fenomenem emblematu jako gatunku oraz nad barokową wspólnotą literatury i sztuk plastycznych, rozpatrywaną na tle wielowiekowej refleksji estetycznej o powinowactwie sztuk. Z dociekań tych wyrosła nowatorska w wymiarze europejskim książka Obraz – słowo – znak, po latach przetworzona i rozbudowana przez autora do rozmiarów syntezy Słowo i obraz.