Te E.II, które w wyniku uszkodzeń wymagały napraw w fabryce, były potem przerabiane na E.III.
Opis konstrukcji Fokker E.II to średniopłat z kadłubem o przekroju prostokątnym, zwężającym się ku tyłowi, z usterzeniem pozbawionym ruchomych części – sterowanie odbywało się poprzez wychylenie całej powierzchni statecznika poziomego lub pionowego. Skrzydła pozbawione były lotek, a dzięki elastycznej strukturze sterowanie odbywało się poprzez kontrolowaną zmianę (skręcenie) profilu skrzydła za pomocą linek przechodzących przez przednią część kokpitu. Szkielet kadłuba, który tworzyła kratownica spawana z rur stalowych usztywniana drutem, pokryty był głównie płótnem – jedynie przednia część kadłuba przed kabiną pilota i większa część silnika pokryta była blachą duralową. Skrzydła były prostokątne, dwudźwigarowe, o szkielecie drewnianym krytym płótnem, usztywnione za pomocą linek mocowanych do charakterystycznych kozłów umieszczonych nad i pod kadłubem. Podwozie przednie stałe również oparte było na spawanych metalowych rurach, z tyłu zastosowano płozę ogonową. Samolot był dość prymitywną konstrukcją, nie posiadał nawet przepustnicy pozwalającej na regulowanie obrotów silnika, a brak lotek znacznie ograniczał jego manewrowość.