Konstrukcja myśliwców tego okresu nie pozwalała jeszcze na umieszczenie karabinów maszynowych w skrzydłach, więc w zamian karabiny maszynowe musiały być umieszczane na górnej powierzchni płata dwupłatowców (co jednak było powodem dużych trudności z przeładowywaniem i celowaniem) lub w kabinie strzelca/pilota umieszczonej przed śmigłem (konstrukcje ze śmigłami pchającymi). Mimo wprowadzenia do produkcji E.II, Fokkery E.I były produkowane równolegle z nimi. Wynikało to z ograniczonej dostępności 100 konnych silników. Wobec tego to, czy kadłub samolotu w hali produkcyjnej kończył jako Fokker E.I czy Fokker E.II, zależało od dostępnego aktualnie silnika. Już po wprowadzeniu E.II okazało się, że podjęta przy okazji konstrukcji E.I decyzja o skróceniu skrzydeł w celu zwiększenia maksymalnej szybkości była błędna – traciła na tym manewrowość i zdolność wznoszenia samolotu. W związku z tym na bazie E.II opracowano nową wersję myśliwca – Fokkera E.III. Do grudnia 1915 roku, czyli momentu wprowadzenia do produkcji E.III, wyprodukowano 49 Fokkerów E.II, z czego 45 zostało wysłanych na front zachodni.