Wody Większość powierzchni kraju należy do zlewiska Morza Egejskiego, jedynie zachodnie tereny to zlewisko Morza Adriatyckiego. Sieć rzeczna jest gęsta, czego główną przyczyną jest rzeźba terenu. Największą rzeką jest Wardar, należący do zlewiska Morza Egejskiego, w granicach kraju liczy 301 km. Dopływami Wardaru są: Bregałnica, Crna Reka i Treska. Drugą ważną rzeką jest Strumica, która także należy do zlewiska Morza Egejskiego. W granicach kraju liczy 81 km. Do Morza Adriatyckiego uchodzą zaś Czarny Drin i Radika. Rzeki zasilane są głównie w zimie i wczesną wiosną, przez śnieg i deszcz. Latem z powodu chronicznych braków opadów, rzeki mają niskie wodostany. Niektóre zwłaszcza mniejsze dopływy wysychają.
Macedonia Północna wraz z Grecją i Albanią dzieli trzy duże jeziora. Jezioro Ochrydzkie – powierzchnia: 347 km², przebiega przez nie granica Macedonii Północnej i Albanii. Prespa – powierzchnia: 288 km², przebiega przez nie granica Macedonii Północnej, Albanii i Grecji. Dojran – powierzchnia: 43 km², przebiega przez nie granica Macedonii Północnej i Grecji. Do większych zbiorników należą Mawrowo i Debarsko.