Pogoda w kraju cechuje się długimi i stosunkowo suchymi latami oraz chłodnymi i mroźnymi na terenach górskich zimami.
Roczna średnia temperatura to 24 °C. Temperatury latem na terenach nisko położonych są wysokie i średnie wartości wynoszą 31 °C. Występuje duża liczba dni z upałami. Maksymalne wartości dochodzą latem do 40 °C w okolicach miasta Demir Kapija. W górach temperatury są niższe. Zimy są dość chłodne, gdzie średnie wartości wynoszą około -1 °C na terenach nisko położonych, zaś na terenach górskich występują mrozy do, a nawet poniżej -20 °C. Temperatura ta zależy od wysokości nad poziomem morza.
Pomimo pewnych cech kontynentalnych opady w kraju są stosunkowo wysokie, co wiąże się z obecnością gór. Na terenach górskich średnia roczna opadowa przekracza 1200 mm. W zachodniej Macedonii Północnej opady wynoszą od 700 do 800 mm rocznie. Jedynie w dolinach na południu i na wschodzie wartości te wynoszą średnio od 500 do 600 mm rocznie. Minimum opadowe to 400 mm. Zima opady występują głównie pod postacią śniegu, zwłaszcza na terenach górskich.
350px|prawo|mały|Góry w Macedonii Płn.