Po krótkim okresie stabilizacji w II połowie XVII wieku nadszedł czas największego upadku na początku XVIII wieku w dobie wojny północnej. Poprawę przyniosła druga połowa tego wieku, kiedy Bydgoszcz powoli odradzała się demograficznie i gospodarczo, została wyznaczona na siedzibę Trybunału Koronnego Wielkopolski, a także otrzymała perspektywę budowy Kanału Bydgoskiego.
Okres 1772–1806 – wzrost znaczenia miasta
W tym okresie Bydgoszcz wydatnie awansowała administracyjnie i gospodarczo pod rządami pruskimi. Dwukrotnie powiększyła się liczba nieruchomości w mieście, powstały liczne spichlerze, manufaktury, pojawiła się perspektywa ożywionego handlu z zachodnią Europą za pośrednictwem Kanału Bydgoskiego – następcy podupadłej po zaborach drogi wodnej Wisły.
Pod koniec tego okresu Bydgoszcz odrobiła zapóźnienia i osiągnęła poziom z najlepszego okresu staropolskiego. Nie ominęła również Bydgoszczy insurekcja kościuszkowska przez co urozmaicone są dzieje polityczne. 2 października 1794 r. odbyła się bitwa pod Bydgoszczą, którą stoczyły z wojskiem pruskim oddziały, dowodzone przez gen. Henryka Dąbrowskiego.
Okres 1806–1815 – w Księstwie Warszawskim