Po zajęciu Królewca przez wojska rosyjskie podczas wojny siedmioletniej w latach (1758–1762) kościół służył jako cerkiew garnizonowa, a po zajęciu miasta przez armię napoleońską 1807 jako lazaret. W związku ze zmniejszającą się wskutek asymilacji i germanizacji ilością parafian, 1808 zniesiono stanowisko diakona, po 1821 zawieszono działalność polskiej szkoły. Już w końcu XVIII w. obok polskich wprowadzono niemieckie nabożeństwa cywilne i wojskowe. Od 1881 stał się kościołem parafialnym (niem. Steindammer Kirche) z nabożeństwami niemieckimi, choć jeszcze jakiś czas nazywany był również polskim (Polnische Kirche). 1889 zmieniono nazwy sąsiedniej ul. Polskiego Kaznodziei (Polnische Predigergasse) na ul. św. Mikołaja (Nikolaistrasse) i pl. Polskiego na pl. Kościelny (Steindammer Kirchplatz). Do 1901 odbywały się tu jeszcze comiesięczne polskie nabożeństwa wojskowe. Oprócz polskiej parafii luterańskiej, Polacy-katolicy od 1614 korzystali z kościoła św. Jana na Sackheim, ponadto w latach 1701–1816 istniała polska parafia ewangelicko-reformowana.