Skrzydła były prostokątne, dwudźwigarowe, o szkielecie drewnianym krytym płótnem, usztywnione za pomocą linek mocowanych do charakterystycznych kozłów umieszczonych nad i pod kadłubem. Podwozie przednie stałe, z tyłu zastosowano płozę ogonową. Samolot był dość prymitywną konstrukcją, nie posiadał nawet przepustnicy pozwalającej na regulowanie obrotów silnika, a brak lotek znacznie ograniczał jego manewrowość. Ponieważ samolot nie posiadał mechanicznej pompy paliwa, pilot co około 10 minut musiał podpompowywać paliwo ręcznie.
Działania bojowe Fokkery E.I były używane głównie do ochrony własnych lotnisk i strącania maszyn zwiadowczych nieprzyjaciela. Wynikało to m.in. z wydanego przez niemieckie dowództwo zakazu zapuszczania się tymi samolotami nad terytorium wroga – chodziło o to, aby synchronizator nie wpadł w ręce państw Ententy. Dopiero kolejny następca tego samolotu, Fokker E.III, był używany do formowania pierwszych niemieckich eskadr myśliwskich. Pierwsze potwierdzone zwycięstwo na Fokkerze E.I odniósł Max Immelmann, zmuszając 1 sierpnia 1915 roku do lądowania brytyjski samolot B.E.2C.