W 1922 w Berlinie powstało Międzynarodowe Stowarzyszenie Robotników, do którego wstąpiła CNT. Wraz z nadejściem dyktatury Miguela Primo de Rivery związek został zdelegalizowany. W 1927 umiarkowana postawa CNT skłoniła niektórych członków do wystąpienia i utworzenia radykalniejszej Iberyjskiej Federacji Anarchistycznej. W kolejnych latach wpływała ona na bardziej radykalną politykę CNT.

II Republika Po upadku monarchii CNT początkowo wspierała rządy republikańskie. Jednak przez lata 1931–1933 poparcie to stopniowo malało. Powodem niezadowolenia były bezustanne konflikty z władzami prowokowane przez częste organizacje strajków, które doprowadziły w końcu do wybuchu dwóch wystąpień rewolucyjnych, szybko stłumionych przez władze. W tym czasie ugruntowała się pozycja CNT jako najsilniejszego związku w Katalonii. Duże wpływy miał też w Aragonii (przewyższając liczbę członków UGT) i w Andaluzji.

Napięcia pomiędzy umiarkowanym i radykalnym skrzydłem (zwolennicy zbliżenia do FAI) doprowadziły w roku 1931 do ogłoszenia przez umiarkowaną część członków Manifestu Trzydziestu (Manifiesto de los Treinta) i stworzenia przez Angela Pestañę Partii Syndykalistycznej.