Kościół rzymskokatolicki szybko zauważył niebezpieczeństwo ze strony aktywnego ośrodka lubelskiego i tu skoncentrował ataki na „herezje”, prowadzone głównie przez jezuitów. Z tego powodu właśnie na Lubelszczyźnie wydano w XVI wieku największą liczbę polemicznych pism religijnych.
Lubelski duchowny kalwiński Stanisław Paklepka skłaniał się ku unitarianizmowi i jego poglądy doprowadziły w 1565 do wyodrębnienia z kalwinizmu ruchu braci polskich i utworzenia w Lublinie aktywnego zboru, na którego czele stanął Paklepka. Zbór braci polskich wraz ze szkołą miał pierwszą siedzibę w kamienicy starosty Tęczyńskiego, obok lubelskiej katedry.
Bracia polscy czuli się początkowo tak pewnie, że nie wahali się przed publicznymi demonstracjami, np. poeta Erazm Otwinowski w 1564 wyrwał księdzu monstrancję, niesioną podczas procesji, rzucił na ziemię i podeptał jako protest przeciwko „ubliżaniu Bogu”.
Zbór prowadził z sukcesami działalność misyjną, przyjmując wiernych wszystkich stanów, głównie kupców, rzemieślników, medyków i aptekarzy, ale także plebs i pospólstwo, co odstręczało bogatszą szlachtę. Braćmi polskimi była głównie średnia szlachta m.in.