thumb|300px|Mapa trasy konwoju PQ-17 Następnego dnia niemiecka flota morska otrzymała rozkaz wyjścia w morze, który wkrótce został odwołany. Tego samego dnia eskorta konwoju otrzymała rozkaz powrotu do Scapa Flow, w konwoju pozostały jedynie okręty najbliższej ochrony. Rozproszone statki handlowe stały się łatwym celem niemieckich okrętów podwodnych i lotnictwa. Dwanaście statków zostało zatopionych 5 lipca – sześć przez Luftwaffe i sześć przez cztery U-Booty.
6 lipca zostały zatopione kolejne dwa statki: SS „Pan Atlantic” przez Luftwaffe i SS „John Witherspoon” przez U-255. 7–8 lipca Niemcy zatopili 5 statków (w tym 2 storpedowane przez U-255). 9 lipca eskorta konwoju wycofała się na Morze Arktyczne, tego dnia żaden statek handlowy nie został zatopiony. Ostatnie straty zostały zadane konwojowi przez lotnictwo, 10 lipca zatopiono SS „Hoosier” i SS „El Capitan”. W sumie w wyniku działań wojennych konwój stracił 23 statki.
10 lipca dwa statki przybyły do portu w Archangielsku. Pozostałych 9 przypłynęło do Murmańska. Zostały zatopione statki o łącznej pojemności 142 500 BRT, zginęło 153 marynarzy, stracono 3300 przewożonych pojazdów mechanicznych, 200 samolotów, 430 czołgów i ok. 100 000 ton innych towarów, jak amunicji i żywności.