W Olsztynie, poza pracą zawodową w szpitalu, rozwijał także swoją pasję, jaką stała się historia medycyny. Nie powrócił do przerwanej wybuchem wojny przygotowywanej rozprawy habilitacyjnej na temat małopłytkowości samoistnej, większość z niemal 70 powojennych publikacji poświęcając historii medycyny. Był m.in. autorem pierwszej powojennej publikacji lekarskiej w Olsztynie – Sprawozdania z dotychczasowej działalności szpitala PKP w Olsztynie (1947). Wiele uwagi w swoich badaniach poświęcił osobie Mikołaja Kopernika, przypominając mniej znaną działalność uczonego jako lekarza. Odnalazł w okolicach Braniewa inkunabuł medyczny z biblioteki Kopernika i przekazał go olsztyńskiemu Muzeum Warmii i Mazur. Postawił nową hipotezę na temat przyczyny śmierci astronoma, którą miał stać się zakrzep jednej z tętnic półkuli mózgowia, a nie jak wcześniej uważano wylew krwi do mózgu. Niektóre z prac Flisa o tematyce kopernikowskiej to M. Kopernik i medycyna (1973, współautor), książka wydana w związku z 500-leciem urodzin uczonego, i Kopernikowski inkunabuł medyczny w Olsztynie („Komunikaty Mazursko-Warmińskie”, 1970, nr 4).