F.), głównie rozprawy kazuistyczne w zakresie chorób wewnętrznych i zakaźnych; artykuł o krwinkach białych w durze brzusznym, napisany wspólnie z Gabrielem Nowosadko, został wyróżniony w 1936 nagrodą Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego. Na posiedzeniach tej organizacji, a także Towarzystwa Internistów Polskich czy posiedzeniach klinicznych Szpitala Św. Stanisława i Szpitala Św. Ducha, Flis wygłaszał referaty. Uczestniczył w Zjeździe Lekarzy i Przyrodników w Poznaniu. Z innych publikacji Flisa z tego okresu można wymienić Przyczynki do zjawisk wstrząsowych w leczeniu surowicami oraz W sprawie postaci aglutynacji w odczynie Widala (z J. Rosenbergiem, praca ukazała się również w języku francuskim).

Wybuch wojny zastał Flisa w Warszawie, i tu też spędził on większość lat okupacji. Pracował jako lekarz w Miejskiej Pomocy Lekarskiej Wydziału Szpitalnictwa miasta Warszawy oraz w Przychodni Przeciwgruźliczej V Ośrodka Zdrowia. Utrzymywał kontakt z Radą Główną Opiekuńczą. Zaangażował się także w działalność konspiracyjną, był członkiem Konfederacji Narodu;