24 czerwca 1941 został ciężko ranny. Po przyjeździe do Syrii Niemcy ewakuowali go do Aten, gdzie wyleczył rany. W tym czasie jego jednostka została zepchnięta na terytorium Syrii.
Następnie al-Kawukdżi przeniósł się do Berlina, gdzie w 1942 roku poznał Niemkę Lizolettov, która później została jego trzecią żoną. Został oficerem Wehrmachtu i przygotowywał się do prowadzenia działań szpiegowsko-dywersyjnych na terenie brytyjskiego Mandatu Palestyny. Plany te pokrzyżował wielki mufti Jerozolimy al-Husajni, który wysłał do Berlina list, oskarżający al-Kawukdżiego o szpiegostwo na rzecz Brytyjczyków. W 1945 roku aresztowały go wojska radzieckie. W niewoli przebywał do lutego 1947 roku. Z Niemiec wyjechał do Paryża, stamtąd poprzez Egipt dostał się do Libanu. Wyraził on wówczas swoje poglądy, które były wyrażeniem poglądów nazistów: „Walka pomiędzy Żydami i Arabami jest wojną ... Jedyną możliwością jest unicestwienie wszystkich Żydów, zarówno w Palestynie, jak i we wszystkich krajach arabskich”.