W czerwcu i lipcu wziął udział w operacji Exporter, zajęciu przez wojska alianckie Libanu i Syrii, podległych Francji Vichy. 24 września został awansowany do stopnia generała. Jego działania, zmierzające do sformowania podległych mu wojsk australijskich w jedną całość, spotkały się z oporem jego brytyjskich przełożonych, szczególnie po wycofaniu z frontu skrwawionej w bitwie o Tobruk 9 Dywizji we wrześniu i październiku 1941 roku.
W marcu 1942 roku generał Blamey powrócił do Australii, gdzie objął dowództwo wojsk australijskich, stojących w obliczu spodziewanej inwazji japońskiej. Poza obroną kraju do zadań armii należał udział w planowanych operacjach alianckich na obszarze Pacyfiku, pod dowództwem amerykańskiego generała Douglasa MacArthura. Po lądowaniu Japończyków na Nowej Gwinei i ich szybkich postępach, MacArthur zażądał osobistej obecności Blameya na zagrożonym obszarze. Objął on dowodzenie podczas walk na szlaku Kokoda i doprowadził do odrzucenia Japończyków z powrotem na północne wybrzeże Nowej Gwinei. W 1943 roku siły alianckie przystąpiły do kontrofensywy na obszarze południowego Pacyfiku. Blamey dowodził podczas walk siłami alianckimi, chociaż bez wojsk amerykańskich, wyłączonych spod jego komendy decyzją generała MacArthura.