Blamey pozostał na stanowisku szefa policji do 9 lipca 1936 roku, gdy został zmuszony do ustąpienia na skutek kolejnego skandalu związanego z próbą ukrycia szczegółów sprawy, w którą zamieszany był jeden z wyższych oficerów policji. Wcześniej, w 1935 roku, otrzymał tytuł szlachecki. W 1937 roku został mianowany dowódcą 3. Dywizji armii terytorialnej, w stopniu generała majora.
II wojna światowa Od października 1939 roku dowodził 6 Dywizją australijską, wchodzącą w skład drugiego AIF, już jako generał porucznik. Wraz z rozpoczęciem formowania 7 Dywizji na początku 1940 roku został dowódcą obejmującego obie jednostki I Korpusu, a w grudniu tegoż roku dowódcą sił australijskich na Bliskim Wschodzie. Od kwietnia 1941 roku pod jego dowództwem znalazła się również 2 Dywizja nowozelandzka, a korpus przyjął historyczną nazwę Anzac Corps. Po ataku Niemiec na Bałkany znaczna jego część została wysłana do Grecji. W wyniku szybkich postępów sił niemieckich, wojska generała Blameya zostały zmuszone do odwrotu i ewakuacji. Dzięki dobremu dowodzeniu odbyła się ona sprawnie i bez większych strat. 23 kwietnia 1941 roku, jeszcze przed zakończeniem walk w Grecji, Thomas Blamey został mianowany zastępcą dowódcy sił alianckich na Bliskim Wschodzie.