W okresie powojennym Józef Poborski nadal podtrzymywał swe ścisłe związki z Państwowym Instytutem Geologicznym. W sezonach letnich 1946-1961 prowadził badania geologiczne i geofizyczne w rejonie kujawskim (struktura Izbica Kujawska-Łęczyca, rudonośny dogger rejonu Łęczycy, wysad solny Kłodawa, basen permski na Niżu Polskim). Od 1962 przypisany administracyjnie do Oddziału Karpackiego tegoż instytutu, w większym stopniu zajmował się zagadnieniami miocenu solonośnego na obszarze polskiego Podkarpacia.
Począwszy od lat wojennych, kiedy pracował w kopalni bocheńskiej i badał budowę geologiczną złoża solnego w Bochni, przez kilka lat współpracy z prof. K. Skoczylas-Ciszewską zagadnienia budowy geologicznej złóż solnych tego regionu i ich związek z tektoniką regionalną były przedmiotem jego nieustającego zainteresowania. Do zagadnień tych powrócił na emeryturze, współpracując przez wiele lat z Zakładem Poszukiwań Nafty i Gazu w Krakowie, szczególnie z dr inż. E. Jaworem.