9 maja 1940 „Kelly„” wziął udział w wypadzie na Skagerrak przeciw niemieckim kutrom torpedowym, podczas którego został o 22.30 storpedowany przez kuter (Schnellboot) S 31 na Morzu Północnym, na pozycji (27 zabitych). Został następnie wzięty na hol przez niszczyciel HMS „Bulldog”. Po północy, z oboma okrętami po kolei, we mgle zderzył się kuter torpedowy S 33 i został przy tym uszkodzony. Operację holowania „Kelly” do bazy, trwającą aż do 13 maja osłaniały HMS „Kandahar”, , „Gallant” i krążowniki HMS „Sheffield” i „Manchester”Don Kindell, NAVAL EVENTS, MAY 1940, Part 2 of 4. Remont w Tyne trwał do 18 grudnia 1940, po czym „Kelly” powrócił do roli flagowego okrętu 5. Flotylli. Zmieniono mu wówczas (w czerwcu) numer burtowy z F01 na G01.

W styczniu 1941 „Kelly” wraz z „Kipling”, „Kashmir” i „Jersey” został w Plymouth przydzielony do Dowództwa Zachodnich Podejść, zajmując się głównie eskortą konwojów. 15 lutego 1941 wraz z „Kashmir”, "Kipling" i „Jackal” usiłował przechwycić niemiecki ciężki krążownik „Admiral Hipper” płynący do Brestu, lecz do kontaktu nie doszło. Kilkakrotnie w lutym-marcu osłaniał też akcje stawiania min w rejonie kanału La Manche.