Naprawa uszkodzeń trwała do 12 grudnia 1939. Już jednak 14 grudnia „Kelly” został poważnie uszkodzony na minie, z zagrody postawionej pod Newcastle przez niemieckie niszczyciele „Hermann Künne”, „Friedrich Ihn”, „Erich Steinbrinck”, „Bruno Heinemann” (bez ofiar) Don Kindell, NAVAL EVENTS, DECEMBER 1939, Part 1 of 2 w serwisie naval-history.net. Jego remont w Hebburn trwał do 28 lutego 1940 (okrętem flagowym kmdra Mountbattena był przez ten czas niszczyciel „Kelvin”). Od marca 1940 „Kelly” ponownie służył jako okręt flagowy 5. Flotylli, stacjonując głównie w Scapa Flow i zajmując się przede wszystkim eskortowaniem konwojów. Już 9 marca 1940 jednakże, płynąc w osłonie konwoju HN-17, miał podczas złej pogody kolizję z niszczycielem HMS „Gurkha”, uszkadzając lekko dziób, po czym był naprawiany do kwietnia w Blackwell.
Po naprawie, „Kelly” wziął ograniczony udział od końca kwietnia w kampanii norweskiej, podejmując w nocy 1/2 maja wraz z niszczycielami HMS „Maori”, „Grenade”, „Griffin” i francuskim „Bison” próbę ewakuacji żołnierzy francuskich z Namsos, przerwaną po uszkodzeniu „Maori” przez lotnictwo. Kolejnej nocy 2/3 maja „Kelly” brał udział w ewakuacji NamsosDon Kindell, NAVAL EVENTS, MAY 1940, Part 1 of 4.