13 grudnia 1948 r. prokuratura wojskowa sprawę umorzyła i przekazała prokuratorom cywilnym. 1 lutego 1949 r. gotowy był już akt oskarżenia „że w dniu 18 października 1947 r. w Olsztynie, jako Zastępca Naczelnika Wydziału Społeczno-Politycznego Urzędu Wojewódzkiego w Olsztynie, przekraczając swą władzę i nie dopełniając obowiązku, polecił telefonicznie Starostwu Powiatowemu w Szczytnie unieważnić zaświadczenia stwierdzające polską przynależność narodową i tym samym pozbawić obywatelstwa polskiego oraz włączyć te osoby do transportu repatriacyjnego do Niemiec przez co działał na szkodę interesu państwowego (...)”.
Gustaw Leyding-Mielecki kilka dni po opuszczeniu aresztu został zatrudniony w Stacji Naukowej Instytutu Zachodniego (Instytucie Mazurskim) w Olsztynie jako pracownik czasowy. Tam kontynuował swą współpracę z Główną Komisją Ustalania Nazw Miejscowych i Obiektów Fizjograficznych przy Ministrze Administracji Publicznej. 9 maja 1949 r. Leyding-Mielecki został ponownie osadzony w olsztyńskim areszcie, ale już 30 lipca 1949 r. oskarżeni zostali zwolnieni z aresztu. Po wyjściu na wolność Leyding złożył podanie o zwrot wpłaconej przez adwokata 16 marca 1949 r. kaucji w wysokości 10 000 zł. W sierpniu 1949 r.