W 1863 roku Krakowowa brała udział w stowarzyszeniu „piątek”, kobiecej organizacji pomagającej rodzinom zabitych i uwięzionych powstańców. W powstaniu wzięli udział trzej synowie Krakowów; jeden z nich, Ludwik, był naczelnikiem cywilnym województwa podlaskiego. Po powstaniu Ludwik i Stanisław wyemigrowali, zaś Kazimierz zaginął bez wieści.
W 1879 roku, mając już ponad 65 lat, Krakowowa zrezygnowała z kierowania szkołą. W następnym roku zmarł jej mąż. W ostatnim okresie życia Krakowowa współpracowała z czasopismem „Wieczory Rodzinne” oraz z redagowanym przez Władysława Bełzę „Towarzyszem Pilnych Dzieci”.
Paulina Krakowowa zmarła 16 lutego 1882 z powodu tętniaka serca. Została pochowana na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 156-5-6). W jej pogrzebie licznie wzięła udział warszawska społeczność. Przełożone warszawskich żeńskich pensji zgromadziły fundusz na wydawanie książek dla młodzieży i zorganizowały ogłoszony w „Tygodniku Ilustrowanym” konkurs imienia Krakowowej na utwór ukazujący rolę kobiety we współczesnym społeczeństwie (nagrodzono powieść Księżniczka Zofii Urbanowskiej).