W 1839 roku Krakowowa wydała swoją pierwszą powieść, mające autobiograficzne motywy Pamiętniki młodej sieroty. Na łamach „Pierwiosnka” ukazała się jej Branka tatarska (1842), a w „Zorzy” Wspomnienia wygnanki (1843), scharakteryzowane przez Piotra Chmielowskiego jako „pierwsza polska robinsonada”. Opublikowała ponadto kilka zbiorów dydaktycznych.
W 1849 roku Krakowowa otworzyła pięcioklasową pensję dla dziewcząt, początkowo z niewielką liczbą uczennic. Placówka stopniowo się rozrastała, zyskując renomę „pierwszorzędnego zakładu naukowego”. Szkoła miała nowoczesny program nauczania, a dobrane grono wykładowców (wśród których byli Julian Bartoszewicz, Jerzy Aleksandrowicz i późniejszy biskup Kazimierz Ruszkiewicz) zapewniało wysoki poziom nauki i wychowania. Sama Krakowowa uczyła w niej języka i literatury polskiej.
Metody wychowawcze i osoba Pauliny Krakowowej miały duży wpływ na jej wychowanki, żywiące do niej szacunek i przywiązanie także po ukończeniu szkoły. Pensja Krakowowej wykształciła też wiele nauczycielek, m.in. Jadwigę Sikorską – przyszłą założycielkę pensji żeńskiej przekształconej w 1918 r. w Gimnazjum im. Królowej Jadwigi.