Ostatni mecz w III lidze Resovia rozegrała 12 czerwca 2004, kiedy to uległa na swoim boisku lokalnemu rywalowi – Stali – 0:1 i plasując się na 15 pozycji w tabeli została zdegradowana do IV ligi. Dnia 9 września 2006, po blisko dwuletniej przerwie spowodowanej remontem stadionu, Resovia wraca na własny stadion przy ul. Wyspiańskiego 22, pokonując w premierze zespół Crasnovii Krasne 4:1. W sezonie 06/07 jedenastka Resovii wygrywając rywalizację w IV lidze, zapewnia sobie powrót w szeregi trzecioligowcówWięcej informacji historycznych i statystyk na stronie http://www.resoviacy.pl/. Zespół w sezonie 2008/2009 wywalczył awans do piłkarskiej II ligi (szkoleniowcem był wówczas Tomasz Tułacz). W debiutanckim sezonie 2009/2010 II ligi Resovia zajęła 3. miejsce, tracąc jeden punkt do miejsca premiowanego awansem do I ligi. W kolejnym sezonie 2010/2011 drużyna uplasowała się na 10. pozycji, a w edycji 2011/2012 na 6. miejscu. Do czerwca 2012 trenerem drużyny był Marcin Jałocha. Od 26 czerwca 2012 do 1 kwietnia 2013 szkoleniowcem był ponownie Tomasz Tułacz.