W 1994 drużyna zdobyła w rozgrywkach II ligi gr. wschodniej 23 punkty (7 zw., 9 rem., 18 porażek), co wystarczyło do zajęcia zaledwie 17 (przedostatniego) miejsca w tabeli. Tym samym Resovia została zdegradowana po 17 latach do III ligi, w której występowała przez kolejne 3 sezony. W sezonie 94/95 zespół Resovii osiągnął 1/8 finału Pucharu Polski, ulegając na własnym stadionie pierwszoligowej wówczas Olimpii Poznań 0:3. Niezbyt udane występy w rundzie wiosennej sprawiły, że dopiero w ostatniej kolejce Resovia sprolongowała swój byt w III lidze, remisując u siebie z Garbarnią Kraków 0:0. W kolejnym sezonie (1995/96) Resovia plasuje się w tabeli z dorobkiem 36 punktów na 15 miejscu i tylko dzięki nieprzystąpieniu do rozgrywek przez Stal Mielec zachowuje miejsce w III lidze. W 1997 roku drużyna zgromadziła w rozgrywkach tylko 32 punkty i spadła do IV ligi podkarpackiej. W pożegnalnym meczu w III lidze (21 czerwca 1997) Resovia remisuje na własnym boisku w derbach Rzeszowa ze Stalą 1:1. Dwukrotnie (sezon 99/00 i 02/03) Resovia wygrywała rywalizację w IV lidze i awansowała do III ligi (grupa IV). W sezonie 2003/04 grając już w tej klasie rozgrywkowej, zespół uzyskał w 30 spotkaniach 27 punktów, strzelając rywalom 27 a tracąc 49 bramek.