Na miejsce wydarzeń przybyli wysocy dygnitarze z NKWD – Iwan Sierow i Wsiewołod Mierkułow, szczegółowo byli informowani także Ławrientij Beria, a nawet sam Stalin. Radykalne działania podjęte przez Sowietów doprowadziły w dwóch dniach – 22 i 23 marca 1940 roku – do aresztowania 242 osób, natomiast do 25 kwietnia 1940 aresztowano aż 540 podejrzanych o uczestnictwo w polskim podziemiu, głównie byli to członkowie Związku Walki Zbrojnej (ZWZ). Więźniowie byli szczegółowo przesłuchiwani i torturowani.
Co najmniej 21 osób z tych, które przeżyły śledztwo zostało skazanych na karę śmierci. 55 osób skazano na długoletni pobyt w łagrach, ale na mocy układu Sikorski-Majski odzyskały one wolność w sierpniu i wrześniu 1941 roku.
W 2005 roku w Krakowie dzięki m.in. inicjatywie Stanisława M. Jankowskiego zorganizowano wystawę „Powstańczy zryw w Czortkowie w 1940” poświęconą powstaniu czortkowskiemu. Udział w niej wzięli żyjący powstańcy, mieszkańcy dawnego polskiego Czortkowa, oraz sympatycy ziemi czortkowskiej, którzy zjechali do Krakowa z całej Polski i różnych zakątków świata. Wystawę otworzył ówczesny prezes IPN dr hab.