Wybuch II wojny światowej zastał Juliusza Zielińskiego z rodziną w Grudziądzu, wraz z żoną ewakuowali się na wschód. Uniknął w ten sposób egzekucji, które nastąpiły w pierwszych dniach po wkroczeniu wojsk niemieckich na nauczycielach wzywanych pod pretekstem organizowania dla nich „konferencji”. Po upadku Warszawy powrócił z rodziną do Grudziądza, i tu wkrótce, na początku października 1939, aresztowany został przez Selbstschutz wraz z całą grupą miejscowej inteligencji. Więziony był w przekształconym w więzienie segregacyjne dla Polaków „Internacie Kresowym”. Przetrzymywany w więzieniu pod zarzutem „polonizowania dzieci niemieckich w Złotowie” był wielokrotnie przesłuchiwany, ale zwolniony został do domu po kilku tygodniach, 8 grudnia 1939.
Z pozostałą w domu rodziną (tzn. z żoną i wnuczką, ponieważ obaj synowie, walczący w szeregach Wojska Polskiego, po kampanii wrześniowej znaleźli się w niewoli, zięć ukrywał się przed Niemcami, a córce Irenie nakazano opuszczenie mieszkania) przebywał kilka zimowych miesięcy, do marca 1940, kiedy aresztowało go Gestapo. W więzieniu w Grudziądzu przebywał kilka dni, po czym został z całą grupą wywieziony w nieznanym kierunku. Po kilku tygodniach nadeszła wiadomość, że przebywa w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen.