Warszawy, „Poszukiwacze skarbu Jana Pawła II” – warsztaty dla nauczycieli i uczniów poświęcone edukacji kulturalnej oraz „Nadaj kulturze nowy wymiar” – szkolenia dla animatorów kultury.
W działaniach skierowanych bezpośrednio do szkół i nauczyciel Centrum dystrybuuje scenariusze lekcji poświęconych osobie i nauczaniu Jana Pawła II.
Działalność badawczo-naukowa Instytut Badań Naukowych W strukturze Centrum Myśli Jana Pawła II działa powołany w 2012 r. Instytut Badań Naukowych. Analizuje dziedzictwo intelektualne papieża, rozważa współczesne zagadnienia filozofii, teologii, nauk społecznych i prawa. Bada nie tylko teksty autorstwa Jana Pawła II, lecz również to wszystko, co on uważał za istotne w dochodzeniu do prawdy o człowieku, o jego godności i świecie.
W ramach działalności badawczej Centrum prowadzi projekty analityczne, m.in. ogólnopolskie badania socjologiczne, organizuje międzynarodowe konferencje naukowe, seminaria dyskusyjne, a także specjalny program dla studentów i doktorantów Karol Wojtyła Fellowship oraz międzynarodowe szkoły letnie.