Od 2017 r. funkcję dyrektora pełni Michał Senk.
Działalność Centrum prowadzi działalność w następujących obszarach: stypendialno-edukacyjnym (Stypendia m.st. Warszawy im. Jana Pawła II) badawczo-naukowym popularyzatorskim artystycznym wydawniczym
Działalność stypendialno-edukacyjna Stypendia m.st. Warszawy im. Jana Pawła II Stypendia m.st. Warszawy im. Jana Pawła II powołała w 2005 r. Rada Miasta Stołecznego Warszawy. Co roku ze wsparcia finansowego może korzystać ponad 500 uczniów i studentów uczących się w Warszawie, którzy mimo trudnych warunków materialnych, rodzinnych lub zdrowotnych osiągają dobre wyniki w nauce oraz wykazują się osiągnięciami naukowymi, artystycznymi, sportowymi bądź zaangażowanie społecznym.
Stypendia przyznawane są na rok szkolny i akademicki w miesięcznej wysokości od 200 do 1500 zł. W latach 2005–2018 Stypendium uzyskało ponad 3000 osób.
Projekty edukacyjne Od początku Centrum Myśli Jana Pawła II podejmuje działania edukacyjne skierowane do szerokiego grona odbiorców – od rodzin z małymi dziećmi po osoby dorosłe. Wśród projektów znalazły się między innymi gra miejska „Gra o Wolność” – tworzona i realizowana przez stypendystów m.st.