W ten sposób został on wielkim muftim Jerozolimy. W tym samym roku Amin al-Husajni stanął na czele Najwyższej Rady Muzułmańskiej powołanej do życia w 1921 roku przez sir Samuela. Rada kontrolowała fundusze wakf warte dziesiątki tysięcy funtów i sprawowała nadzór nad działalnością islamskich sądów w Palestynie. Najwyższa Rada Muzułmańska uważała się za strażnika jednego z trzech świętych miejsc islamu i rozpoczęła międzynarodową kampanię zbierania funduszy na renowację meczetu Al-Aksa i Kopuły na Skale. Cały ten obszar znajdował się wówczas w ruinie i wymagał gruntownych prac renowacyjnych. Al-Husajni zlecił wykonanie prac tureckiemu architektowi . Amin był zdecydowany przekształcić meczet Al-Aksa w symbol panarabskiego i palestyńskiego nacjonalizmu w walce z napływem żydowskich imigrantów do Palestyny. Prowadząc swoją kampanię, często oskarżał Żydów o planowanie przejęcia kontroli nad Murem Zachodnim, który był niezbywalną własnością i częścią meczetu Al-Aksa. Wzajemne oskarżenia przyczyniały się tylko do wzrostu napięć pomiędzy obydwoma społecznościami w mieście. Obie społeczności – arabska i żydowska – patrzyły na wszystkie problemy tylko z punktu widzenia własnej tradycji i własnych interesów.