Baptysterium thumb|Rekonstrukcja części wnętrza baptysterium z aediculą nad basenem chrzcielnym Baptysterium jest pomieszczeniem położonym na prawo od wejścia (na planie w prawym, górnym rogu – nr 6). Przypuszczenie, iż sala ta służyła celom chrzcielnym, wysnuto na podstawie odkrytych malowideł i konstrukcji, uważanej za obudowaną misę chrzcielną. Mimo to niektórzy badacze (choć w mniejszości) pomieszczenie interpretują nie jako baptysterium, ale jako mauzoleum-martyrium, gdyż tematyka fresków jest zbliżona do malarstwa katakumbowego i dekoracji na sarkofagachElżbieta Jastrzębowska, Sztuka wczesnochrześcijańska, Warszawa 1988, s. 64-65.. Freski te są jedynymi znanymi dziś malowidłami chrześcijańskimi sprzed ogłoszenia edyktu mediolańskiego, jakie ocalały dotychczasZ tego okresu znane są bowiem głównie malowidła z katakumb. Z budowli naziemnych, oprócz malowideł z Dura Europos, pochodzą również mozaiki z pomieszczenia sepulkralnego z cmentarza przy Via Cornelia w Rzymie, jednak ich datowanie na III wiek jest hipotetyczne (André Grabar, Le premier art chrétien, 1966, s. 80)..