right|thumb|200px|Bizantyjska twierdza Babilon Amr został mianowany przez kalifa Umara namiestnikiem podbitej przez siebie prowincji. Już w roku 641 założył w niej nową stolicę, Fustat, ufortyfikowany obóz wojskowy z meczetem w środku. W celu uzyskania lepszej łączności z Arabią kazał też oczyścić stary kanał łączący Nil z Morzem Czerwonym. Jako namiestnik Amr doskonale zdawał sobie sprawę, że rolnictwo Egiptu zależy od utrzymania sprawności systemu irygacyjnego i bardzo o niego dbał. Każda wieś w Egipcie tworzyła zwartą jednostkę, której przywódca odpowiadał za egzekwowanie i płacenie określonych podatków, z których część przekazywano do ośrodka większej jednostki terytorialnej, ta zaś wysyłała je do Aleksandrii. Pozostała część szła na roboty publiczne, takie jak utrzymanie sprawności systemu irygacyjnego, potrzeby świątyń, łaźni publicznych itd. Chłopi mogli płacić daniny w naturze. Amr obłożył praktycznie całą niemuzułmańską ludność Egiptu pogłównym, którego wysokość uzależniono od majątku podatnika. Większość dawnego systemu administracyjnego, jak i jego urzędnicy, zostały zachowane.