Wątpliwości budzi przygotowanie zamachu w pojedynkę. Możliwe zatem, że współpracowały z Elserem osoby wtajemniczone, które umożliwiły mu pozostawanie w Piwnicy Mieszczańskiej po zamknięciu lokalu (w godzinach nocnych). W tym czasie wydrążył on otwór w głównej kolumnie (usuwając za każdym razem ślady swojej działalności), po czym umieścił w nim i zamaskował bombę zegarową własnej konstrukcji, nie budząc niczyjego podejrzenia. Śledztwo prowadzone przez SS, połączone z torturami, nie ujawniło jednak współsprawców zamachu. Elsera do końca wojny osadzono w obozach koncentracyjnych Sachsenhausen i Dachau, a ostatecznie zgładzono go 9 kwietnia 1945.
Kontrowersje mały|234x234px|Pomnik w dzielnicy Vauban we Fryburgu Bryzgowijskim. Niemiecki teolog protestancki Martin Niemöller twierdził, że od współwięźnia w obozie koncentracyjnym usłyszał, że rzekomo Elser był członkiem SS, a zamach miałby być dziełem nazistówTeil 1: Der Mann, der es tat → Kein Denkmal für Elser. Jeden z programów Bogusława Wołoszańskiego „Sensacje XX wieku" w odcinku pt. „Pojedynek w Venlo" wysunął hipotezę, że zamach był intrygą Heinricha Himmlera, który chciał przejąć władzę po Hitlerze. A dzień po zamachu (czyli 9 listopada 1939) w przygranicznej miejscowości Venlo miało dojść do porozumienia między SS a brytyjskim wywiadem.