Ale z czasem został przekonany, że powinien odgrywać rolę stosowną do okoliczności i w 1554 roku został jezuickim prowincjałem Hiszpanii, a dwa lata później po śmierci Diego Layneza, trzecim w historii generałem zakonu.
Jego osiągnięcia na tym stanowisku, które pełnił w latach 1565–1572 spowodowały, że jest określany jako największy generał zakonu po Ignacym Loyoli. Wspomógł utworzenie Papieskiego Uniwersytetu Gregoriańskiego (Collegium Romanum) przez Loyolę (którego był przyjacielem i doradcą), kształcącego elitę Kościoła: misjonarzy, wysyłanych później w najdalsze zakątki globu, doradców królów i papieży, pionierów kontrreformacji w różnych częściach Europy. Wzmocnił organizacyjnie zakon, kładąc podstawy pod jego potęgę. Przyczynił się do powstania koalicji państw chrześcijańskich, która pokonała wielką flotę turecką w bitwie pod Lepanto (1571). Pozostawił również po sobie wiele pism filozoficznych. Pomimo znaczenia pełnionego urzędu prowadził bardzo skromne życie i już za życia miał opinię świętego. Zmarł 10 października 1572 roku w wieku 62 lat w drodze do Rzymu.
Przyjął do nowicjatu Stanisława Kostkę.