1535) Joanny Juana (ur. ok. 1535) Ferdynanda Fernando (ur. 1537) Doroty Dorotea (ur. 1538) Alfonsa Alfonso (ur. 1539)
W 1539 roku Franciszek Borgiasz sprowadził ciało cesarzowej Izabeli Portugalskiej, matki Filipa II z Toledo do Grenady. Podobno kiedy zobaczył zmiany, jakie poczyniła śmierć na twarzy pięknej cesarzowej, zdecydował „nigdy więcej już nie służyć śmiertelnemu władcy”. Ale jeszcze w tym samym roku w wieku 29 objął urząd wicekróla Katalonii (zastępując zmarłego Fadrique de Portugal y Noroña) i pełnił go do śmierci ojca w 1543, kiedy to został czwartym księciem Gandii. Wówczas powrócił w rodzinne strony i poświęcił się głównie życiu religijnemu. W Gandii założył kolegium, które powierzył zarządowi jezuitów.
W 1546 roku zmarła jego żona, wtedy przepisał posiadłości i dobra na swoje dzieci i wstąpił do nowo powstałego zakonu jezuitów. Do roku 1550 porzucił sprawy polityczne i zrzekł się wszystkich tytułów na rzecz najstarszego syna Luisa de Borja-Aragon y de Castro-Melo i został księdzem. Ze względu na jego pochodzenie i sławę oferowano mu kapelusz kardynalski, ale odmówił wybierając funkcję wędrownego kaznodziei.