Car przyjął od delegatów przysięgę wierności i zapowiedział, że statusem kanonicznym metropolii zajmie się po powrocie do MoskwyMironowicz A.: Kościół prawosławny w Polsce. Białostockie Towarzystwo Historyczne, 2006, s. 340. ..
Po śmierci metropolity Sylwestra w 1657 część duchowieństwa metropolii kijowskiej wysunęła kandydaturę Innocentego na wakującą katedrę i starała się uzyskać dla niej poparcie posła carskiego Kikina. Wojewoda rosyjski Buturlin namawiał archimandrytę, by z całym monasterem przyjął jurysdykcję patriarchy moskiewskiego i całej Rusi. Ostatecznie jednak wybrany na metropolitę został kandydat popierany przez Iwana Wyhowskiego, dotychczasowy biskup łucki Dionizy BałabanMironowicz A.: Kościół prawosławny w Polsce. Białostockie Towarzystwo Historyczne, 2006, s. 352. ..
W końcu lat 50. XVII w. Innocenty i przełożony Monasteru Leszczyńskiego Józef wspólnie napisali list do cara Aleksego I, w którym wzywali go, by podjął działania na rzecz likwidacji Kościoła unickiego na ziemiach białoruskich. Był przeciwnikiem unii hadziackiej. Gdy Józef został wybrany na metropolitę kijowskiego, Innocenty był jego bliskim współpracownikiem. Obaj cieszyli się znacznym autorytetem wśród wiernych. Jako archimandryta pieczerski Innocenty kierował monasterską drukarnią.