W latach 1645–1647 wykładał filozofię w Kolegium Kijowsko-Mohylańskim. W czerwcu 1646 brał udział w dyspucie teologicznej w Kijowie, dotyczącej pochodzenia Ducha Świętego, w której jego adwersarzem był jezuita Czychowski. On też w 1649 wydał tekst dyskusji pod tytułem Colloquium Kioviense. Według niektórych źródeł w latach 1645–1646 Innocenty kierował jako ihumen monasterem Przemienienia Pańskiego w Dziatłowiczach.
W 1646 został przełożonym monasteru Objawienia Pańskiego w Kijowie. W tym samym roku mianowano go również rektorem kolegium mohylańskiego. Brał udział w elekcji Sylwestra Kossowa na urząd metropolity kijowskiego po śmierci Piotra Mohyły. W 1650 Innocenty został przełożonym monasteru św. Cyryla w Kijowie. Dwa lata później przeszedł do monasteru św. Mikołaja w Kijowie, zaś od 1656 do śmierci był archimandrytą Ławry Peczerskiej.
Po przyłączeniu Ukrainy Lewobrzeżnej do Rosji archimandryta Innocenty był posłem metropolity kijowskiego Sylwestra do cara Aleksego, do obozu pod Smoleńskiem. Przekazał wówczas rosyjskiemu władcy życzenie metropolity, by nie przechodzić z jurysdykcji Patriarchatu Konstanynopolitańskiego do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.