jedna udała się w kierunku Gorlic, druga w okolice Bóbrki. Sprawą uwolnienia więźniów zainteresował się sam generalny gubernator Hans Frank, a efektem tego była zmiana na stanowiskach szefa Gestapo i naczelnika więzienia w Jaśle. Na przełomie 1943/44 roku Sobota prowadził kontrolę działalności Kedywu w inspektoratach OP-15 Krosno i Mielec. W wyniku kontroli odwołano i zlikwidowano praktycznie całe dowództwo inspektoratu Mielec.
W marcu 1944 r. Sobota wszedł w skład sztabu Kedywu Okręgu Krakowskiego a 30 lipca 1944 r. objął obowiązki szefa Sztabu Podokręgu AK Rzeszów. Na stanowisku tym pozostał do dnia 12 grudnia 1944 r., kiedy to został aresztowany przez NKWD. Następnie zwolniony z więzienia NKWD z zadaniem nawiązania kontaktu z przebywającym na wolności Łukaszem Cieplińskim i innymi oficerami oraz przekonania ich do zawarcia umowy z władzami sowieckimi. Udało mu się jednak ukryć, występując pod nazwiskiem Tomaszewski. W kwietniu 1945 r. Aleksander Zawadzki, który był pełnomocnikiem rządu na Śląsku, awansował Zenona Sobotę do stopnia majora i powierzył mu funkcję starosty będzińskiego. We wrześniu 1945 r. został powołany na stanowisko prezydenta Katowic. Zrezygnował z tego stanowiska i po wstąpieniu do Stronnictwa Ludowego w Poznańskiem prowadził tam intensywną działalność polityczną. W 1947 r.