Brał udział w akcjach na Komunalną Kasę Oszczędności w Gorlicach i Kasę Karpaten Öl w Krośnie, oraz w likwidacji konfidentów Gestapo: Kmiecika w Jaśle i Armatówny w Krośnie. Podczas akcji na Kasę Karpaten Öl został rozpoznany. W maju 1943 r. został komendantem Rejonu „Kedywu” Rzeszów. W dniu 26 czerwca 1943 r. brał udział w potyczce z żandarmerią niemiecką w Przysietnicy, gdzie zginął jego bliski współpracownik Franciszek Płonka i trzech innych żołnierzy Kedywu. Jemu samemu udało się uciec z miejsca zdarzenia.

Największą w południowej Polsce akcją dowodzoną przez Zenona Sobotę było odbicie aresztowanych z więzienia w Jaśle w nocy z 5/6 sierpnia 1943 roku (akcja „Pensjonat”). W przygotowaniach tej akcji pomagała rodzina Madejewskich związana z AK i strażnicy więzienia: Józef Okwieka ps. „Trójka”, Wawszczak i Myśliwiec. Przeprowadził ją oddział dowodzony przez por. Zenona Sobotę w składzie: Zbigniew Cerkowniak ps. „Boruta”, Zbigniew Zawiła ps. „Żbik”, Stanisław Dąbrowa-Kostka ps. „Dąbrowa”, Stanisław Magura ps. „Paw” i wspomniany „Trójka”. Po sterroryzowaniu strażnika weszli do budynku, unieszkodliwili jego załogę i wypuścili 66 więźniów politycznych oraz umożliwili ucieczkę 67 więźniom pospolitym. W Żółkowie uciekinierzy podzielili się na dwie grupy;