W drodze do Baton Rouge Teraz, korzystając z tego, że armia unionistów pozbawiona została wsparcia floty, dowodzący wojskami konfederatów gen. Breckenridge ruszył na czele 3-tysięcznego korpusu na Baton Rouge. Odbicie tego miasta zapewniałoby odzyskanie linii komunikacyjnych wzdłuż 250-kilometrowego koryta rzeki Red River (konfederaci utrzymywali jeszcze port w Houston) i tym samym ubezpieczenie zaplecza własnych sił na południowym zachodzie.
Śladem tych sił ruszył 3 sierpnia w dół Missisipi CSS „Arkansas” z zadaniem pokonania lub przynajmniej odrzucenia sił nawodnych wspierających siły Williamsa. Były to pancerna kanonierka „Essex” z flotylli Davisa oraz kanonierki „Cayuga”, „Kineo” i „Katahdin” Farraguta.
Atak konfederatów na Baton Rouge nastąpił 5 sierpnia bez wsparcia „Arkansas”, który co chwila musiał zatrzymywać się po drodze celem napraw szwankujących maszyn. Pomimo braku wsparcia pancernika konfederaci osiągnęli początkowo sukces (w bitwie zginął gen. Williams), ale później zostali odparci przy wsparciu wspomnianych kanonierek unionistów.