Liczba głosów nieważnych wyniosła 67 001 (1,06%).
Kontrowersje Pytanie referendalne było sprzeczne z obowiązującymi na Białorusi przepisami. Pytanie referendalne, choć sformułowane w formie jednego pytania, w rzeczywistości było zdaniem złożonym składającym się z dwóch pytań: o udział Łukaszenki w wyborach prezydenckich oraz na zmianę artykułu 81. Konstytucji Białorusi. Na pytanie referendalne można było odpowiedzieć na trzy sposoby: dwa razy na tak, dwa razy na nie lub też na pierwsze pytanie nie, a na drugie tak. W przypadku zagłosowania za ponownym startem Łukaszenki w wyborach przy niezgodzie na zmianę art. 81 Konstytucji Białorusi konieczna byłaby nowelizacja Konstytucji, czyli opcja ta była tożsama z pierwszą.
Zgodnie z artykułem 112 Konstytucji przedmiotem referendum nie mogą być sprawy związane z wyborem i dymisją prezydenta. Referendum z 2004 roku naruszyło prawo. Mimo to zmiana w Konstytucji weszły w życie.