Zygmunt III liczył się z jej zdaniem. W Szwecji Anna Wazówna broniła interesów brata. Hamowała, ale nie zapobiegła przejmowaniu realnej władzy przez księcia Karola, późniejszego Karola IX Wazę. Towarzyszyła bratu podczas nieudanej kampanii wojennej w Szwecji w 1598. Podczas bitwy pod Linköping zorganizowała szpital dla żołnierzy. Według planu z końca 1598 miała zamieszkać w Estonii, prowincji Królestwa Szwecji wiernej bratu, co może oznaczać, że Zygmunt III Waza przewidywał dla niej ważną rolę w procesie odzyskania dziedzicznego królestwa. Zachowały się listy jej autorstwa wystawiane w imieniu króla, m.in. w sprawach dyplomatycznych mniejszej wagi. Wspierała przetrzymywanego w trudnych warunkach Carla Carlssona Gyllenhielma, nieślubnego syna Karola IX Wazy, gdy przebywał w niewoli w Polsce w latach 1601–1613.