Jesienią 1589 r. królewna brała udział w spotkaniu ojca i brata w Rewlu – był to jeden z jej dwóch wyjazdów do ojczyzny (nie licząc dzieciństwa i lat młodzieńczych w Szwecji). Do Rzeczypospolitej wróciła prawie po roku. Na spotkaniu stanęła po stronie ojca, który namawiał Zygmunta do powrotu do Szwecji z obawy przed możliwą utratą dziedzicznej korony (co nastąpiło na mocy decyzji Riksdagu w 1599). W 1592 r. wraz z posłami Riksdagu była przedstawicielką ojca, króla Szwecji, na ślubie brata Zygmunta z Anną Habsburżanką.
Podczas dwóch pierwszych pobytów w Rzeczypospolitej (1587–1589, 1590–1595) Wazówna mieszkała głównie w Gdańsku, potem w Malborku, Radomiu i Nowym Mieście Korczynie. Przebywała też na królewskim dworze.
W Szwecji spędziła lata 1595–1598 i był to jej drugi pobyt w ojczyźnie. Pełniła funkcję swego rodzaju namiestniczki brata, gdy ten, po koronacji w Szwecji 18 lutego 1594, wrócił do Rzeczypospolitej. Mieszkała wówczas na , który dostała w lenno. Miała własny dwór liczący około 100 osób spośród wybitnych szwedzkich rodów, takich jak Sparre i Posse. Założyła duży ogród ziołowy i otworzyła aptekę. Możliwe, że właśnie dlatego na sarkofagu w Brodnicy została określona mianem „apteki dla chorych”.