Podejrzewano, że w posiadłości Murata znajdują się zwłoki zaginionej.
7 września 2007 roku policja ponownie przesłuchała Kate i Gerry’ego McCann, po czym nadała im status oficjalnych podejrzanych po znalezieniu w samochodzie przez nich wynajmowanym, materiału biologicznego w postaci płynów ustrojowych i włosów dziewczynki. McCannowie zachowywali pozorne opanowanie i oziębłość podczas udzielania wywiadów. Z tego powodu wielu Brytyjczyków krytycznie odnosiło się do rodziców Madeleine, zarzucając im brak troski i zainteresowania. McCannowie uzyskali odszkodowanie od kilku gazet pozwanych przez nich za oszczerstwo.
W połowie 2008 roku portugalska prokuratura umorzyła śledztwo z możliwością wznowienia go w razie pojawienia się nowych dowodów w sprawie. Pod naciskiem rodziców i premiera Wielkiej Brytanii Davida Camerona w 2011 śledztwo wznowiła brytyjska policja, która skrytykowała działalność portugalskich służb, wytykając jej popełnienie błędów podczas poszukiwań, w tym nieprzesłuchania wszystkich świadków oraz niesprawdzenia rozmów telefonicznych.