Następnie w latach 1977–1981 grał w młodzieżowej drużynie piłkarskiej – Stowe Boys Club w Paddington ., występującej wówczas w Middlesex League.
Kariera FC Watford John Barnes następnie przeniósł się do młodzieżowej drużyny FC Watford U-18, a 14 lipca 1981 roku podpisał profesjonalny kontrakt z klubem, w którym grał do końca sezonu 1986/1987 oraz rozegrał 233 mecze ligowe, w których zdobył 65 goli. W klubie zadebiutował 5 września 1981 w zremisowanym 1:1 meczu u siebie z Oldham Athletic. Już w sezonie 1981/1982 stał się podstawowym zawodnikiem klubu pod wodzą trenera – Grahama Taylora (36 meczów, 13 goli), z którym awansował do First Division po zajęciu 2. miejsca w Second Division, tuż za FC Luton Town, natomiast w sezonie 1982/1983 zdobył wicemistrzostwo AngliiGraham Taylor profile [data dostępu: 2002-02-05] ., mając 11 punktów straty do triumfatora rozgrywek – FC Liverpoolu. W sezonie 1983/1984 dotarł do finału Pucharu Anglii, w którym 19 maja 1984 roku na Stadionie Wembley w Londynie przegrał 2:0 z Evertonem Liverpool, a w sezonie 1986/1987 dotarł do półfinału Pucharu Anglii, w którym 11 kwietnia 1987 roku na Villa Park w Birmingham przegrał 4:1 z Tottenhamem Hotspur.