Sieć liczy 1106 km linii.
Ruch towarowy ma do dyspozycji dużą obwodnicę Tokio, 武蔵野線 Musashino-sen, o przebiegu Tsurumi (linia Tōkaidō) – Fuchū – Nishi-Kokubunji – Minami-Urawa – Shin-Matsue – Nishi-Funabashi (połączenie z Keiyō-sen), prowadzoną na zachodzie w długich tunelach (trasa liczy ok. 100 km; ukończ. 1976). Na 2/3 długości linia służy też ruchowi aglomeracyjnemu. Ominięciu dworca Yokohama służy obwodnica towarowa (część 東海道貨物線 Tōkaidō-Kamotsu-sen) między Higashi-Totsuka i Tsurumi, również w dużej mierze podziemna. Dzięki tym liniom sieć w obszarze centralnym aglomeracji służy wyłącznie ruchowi pasażerskiemu.
Niekiedy do sieci JR wlicza się również linię Tōkyō Monorail, należącą w większości do kolei JR Higashi Nihon.
Trasy (grupy pociągów) w zespole miejskim ŚREDNICOWEUkład tras: witryna oficjalna JR Higashi Nihon wersja jap. wersja ang.
przez centrum Tokio JR京浜東北線・根岸線 JR Keihin-Tōhoku-sen/Negishi-sen (nr 4) Ōmiya – Urawa – Ueno – Tōkyō – Kawasaki – Yokohama – Negishi – Ōfuna; lokalna na własnej parze torów na odcinku Ōmiya – Yokohama; w środku dnia pośpieszna na odcinku Ueno – Shinagawa; pociągi 11-wagonowe;