Gdy Karol I zajął Oksford i uczynił na czas wojny stolicą, Aston został dowódcą placówki Reading. Ze względu na swe autorytarne rządy szybko stał się postacią powszechnie nielubianą. Podczas oblężenia miasta został ranny. Siły Parlamentu pod wodzą Robert Devereux zajęły miasto. Wymieniony, został następnie Sierżantem-Majorem Konnicy Głównej księcia Ruperta i walczył w Bitwie pod Newbury.
W końcu 1643 r. został Gubernatorem Oksfordu. Ponownie stał się obiektem powszechnej niechęci, do czasu gdy we wrześniu 1644 r. w rezultacie upadku z konia stracił nogę, w którą wdała się gangrena, i został zdymisjonowany. Otrzymał od króla olbrzymi żołd i nie służył do końca I angielskiej wojny domowej.
W 1648 r. dołączył do Hrabiego Ormonde, świeżo mianowanego Głównodowodzącym Irlandzkich Konfederatów oraz sił rojalistów w Irlandii. Aston został Gubernatorem strategicznego portu, Drogheda. W 1649 r., miasto zaatakowały wojska Olivera Cromwella. Oblężenie Drogheda zakończył jeden z najokrutniejszych w wojnie trzech królestw epizod.