Po spotkaniu w Wenecji, planowali udać się do Ziemi Świętej, a w międzyczasie opiekowali się chorymi. 24 czerwca 1537 roku Loyola i Ksawery przyjęli święcenia kapłańskie z rąk biskupa Dalmacji Vincenzo Nagusantiego. Podczas pracy w Republice Weneckiej poznał Simão Rodriguesa i Alfonsa Salmeróna. Ponieważ na Morzu Śródziemnym toczyły się walki pomiędzy Wenecją a Turkami, podróż do Ziemi Świętej stała się niemożliwa i zakonnicy rozproszyli się po Italii – Franciszek udał się do Bolonii. W 1538 roku członkowie założyciele spotkali się w Rzymie, gdzie napisali zarys konstytucji nowego zakonu. Wkrótce później król Portugalii Jan III Aviz, za pośrednictwem ambasadora Pedra Mascarenhasa, zwrócił się do Ignacego, aby wysłać nowych misjonarzy do Indii Wschodnich. W marcu 1540 roku w podróż do Portugalii wyruszyli Franciszek, Simão i Nicolás Bobadilla. W Lizbonie Ksawery dowiedział się, że Paweł III zatwierdził zakon bullą z 27 września 1540 roku. W czasie roku oczekiwania na okręt, pełnił posługę duszpasterską na dworze królewskim. 7 kwietnia 1541 roku wypłynął do Indii wraz z Pawłem z Camerino i Franciszkiem Mansilhasem.