Jego skromny kształt architektoniczny mógł wynikać nie tylko z reguły nakazującej franciszkanom skromność, ale też z niewielkich możliwości miasta na tym etapie rozwoju.
Zabudowania zamkowe w tym czasie były pewnie jeszcze drewniane, ale zachował się fragment muru z kamieni polnych ze strzelnicami w co drugiej blance, pochodzącego być może pochodzić jeszcze sprzed roku 1240. Mur obronny zamku i kościół franciszkanów były prawdopodobnie jedynymi w tym czasie budowlami murowanymi na terenie miasta, pozostała zabudowa miejska była drewniana lub szkieletowa. Rolę kościoła parafialnego pełnił w tym czasie odległy o ponad 6 km kościół w Starym Toruniu.
Lata 1251-1351 W 1251 roku odnowiono przywilej miejski dla Torunia i poszerzono Stare Miasto w kierunku północnym i zachodnim. Funkcje targowe przejął nowy, obszerny rynek miejski, a na placu pełniącym dotąd tę rolę powstał kościół Świętych Janów, początkowo jako budowla salowa z wielobocznie zamkniętym prezbiterium.