Wczesny okres rozwoju miasta (do 1251 roku) Gdy w 1236 roku przeniesiono Toruń na obecne miejsce, wytyczono siatkę prostopadłych ulic na obszarze ok. połowę mniejszym od późniejszego obszaru Starego Miasta, w jego południowej części. Obejmował on dzisiejsze prowadzące nad Wisłę ulice Łazienną i Mostową oraz prostopadłą do nich ulicę Ciasną. Od południa ograniczała go skarpa nadwiślana, od wschodu dolina strumienia Postolsk (dzisiejsza Struga Toruńska), używanego później do nawodnienia fos miejskich, od północy linia obecnej ulicy Szerokiej, a od zachodu sięgał za obecną ulicę Żeglarską. Rolę rynku pełnił wtedy prostokątny plac, na którym obecnie stoi katedra Świętych Janów. Poza granicami tak określonego miasta leżały dość ważne budynki: na wschodzie, za strumieniem zamek krzyżacki zbudowany na miejscu wczesnośredniowiecznego grodu, a na północny zachód kościół franciszkanów założony (nie później niż w 1239 roku) poza murami miasta, zgodnie z regułą franciszkańską.
Na podstawie zachowanych reliktów można stwierdzić, że kościół miał kształt prostokątnej sali o wymiarach 20 m długości, 9 szerokości i 11 wysokości.