W utworze Your Funeral and My Trial zagrał na harmonijce LD Miller.
W 2005 Bonamassa zmienił skład swego zespołu koncertowego – zaprosił do współpracy basistę Marka Epsteina i byłego perkusistę zespołu Kenny’ego Wayne’a Shepherda, Bogiego Bowlesa.
Ostatnio występował wspólnie z legendą rocka Tedem Nugentem w Sand Dollar Blues Room w Las Vegas, przed kamerami ekipy telewizyjnej VH1, kręcącej odcinek do programu „SuperGroup”.
W 2009 roku, w czasie koncertu w Royal Albert Hall, z artystą gościnnie wystąpił Eric Clapton. Koncert ten został zarejestrowany i oficjalnie wydany na płycie DVD.
Black Country Communion Od 2010 do marca 2013 roku Bonamassa współtworzył zespół Black Country Communion, w którego składzie znaleźli się także Glenn Hughes, Jason Bonham i Derek Sherinian. 20 września 2010 roku ukazał się debiutancki album zespołu pt. Black Country. Ponad rok później, zespół wydał kolejną płytę 2, którą uznaje się za kontynuację Black Country. W październiku pojawiła się ostatni album Afterglow. W marcu 2013 roku Bonamassa zrezygnował ze współpracy z zespołem, po czym grupa została rozwiązana.